Вторая мировая война пришла в Югославию с массивным вторжением немецких сил в апреле 1941 года. Слабая и разделенная Югославия была занята за короткое время.

Наибольшая часть образовала так называемое Независимое государство Хорватии, включая Боснию и Герцеговину, но не части Далмации, захваченную Италией вплоть до 1943 года.

Независимая государство Хорватия было марионеточным государством под немецким и итальянским контролем. Им управляли фашистские хорваты, которые организовали убийство Короля Александра, и кто в военное время пытался истребить почти 2 миллиона сербов.

Сначала, большинству хорватам нравилось новое независимое государство, но вскоре ужасные зверства убедили их в обратном.

Вдохновленное патриотическими и прокоммунистическими чувствами постоянно растущее число хорватов и сербов присоединилось к Партизанам, движению сопротивления Югославии. Движение было организовано и возглавлялось Тито, главой югославской Коммунистической партии.

Партизаны преобразовали Югославию во главе с Тито по Коммунистическому режиму, и теперь Югославия стала федерацией шести республик, включая Хорватию. Хорватия была увеличена вследствие добавления к ней Риеки, большей части Истрии и трех островов.

Около двадцати процентов хорватов в Югославии жили вне Хорватии, большинство из них проживало в Боснии и Герцеговине и в Сербии. Сама Хорватия была многоэтническая, с 15 процентами сербов.